Фильм «Завещание Анны Ли» обращается к малоизвестной, но фундаментальной странице американской истории — основанию Объединённого сообщества верующих (шкеров) в колониальной Америке. Сюжет следует за судьбой Анной Ли, харизматичной лидерой, которая, подвергаясь жестоким гонениям в Англии за свои радикальные религиозные убеждения, ведёт свою небольшую общину через океан в поисках свободы совести.
Лондон конца XIX века, эпоха викторианской строгости и строгих социальных границ, потрясён появлением таинственного явления: женщины, иногда дети, внезапно обретают невероятные и зачастую непонятные даже им самим способности. Эти «особенные» становятся объектом страха, любопытства и преследований, формируя новое, уязвимое сообщество на обочине общества.