Знакомые по многочисленным сериям друзья — неунывающий Шэгги, его верный пёс Скуби-Ду и маленький Скрэпи-Ду — сбиваются с пути и вынуждены искать пристанище в старом, полном тайн поместье. Случайно overheard разговор приводит их к открытию: покойный владелец устроил здесь последнюю игру, спрятав несметные сокровища.
Спокойная жизнь скрипача-неудачника Ричарда Дрю рушится в одно мгновение из-за безобидной шутки. Его друг, решив пошутить, прячет всю обувь в доме, оставляя герою на выбор лишь два разноцветных ботинка. В таком комичном виде Ричард попадает на глаза двойному агенту ЦРУ, который, нуждаясь в «козле отпущения», тут же объявляет музыканта курьером могущественной мафии.
Знакомый детективный ансамбль Скуби-Ду, Шэгги, Дафны и Скреппи отправляется в необычное приключение, где вместо обычных мошенников в масках им предстоит иметь дело с настоящей потусторонней силой. После случайного освобождения тринадцати могущественных призраков из древнего сундука, команда получает миссию от колдуна Винсента Ван Гоблина — поймать каждого духа и вернуть его в заточение.