После успешного выполнения секретной операции агент Нил Шоу, один из лучших специалистов подразделения ООН, становится главным подозреваемым в громком убийстве китайского посла. Это преступление угрожает подписанию критически важного соглашения между Китаем и США. Внезапно оказавшись в центре международного скандала, Шоу лишается поддержки и оказывается в бегах.
Фильм продолжает мрачную историю вторжения, начатую в первой части. Несколько лет назад учёный Зэйн Земински нашел неопровержимые доказательства того, что Земля тихо оккупирована инопланетной расой, манипулирующей климатом для уничтожения человечества. Его внезапная и таинственная гибель не осталась без внимания.