Действие аниме «Яблочное зёрнышко: Проект Альфа» разворачивается в постапокалиптическом Нью-Йорке, опустошённом войной. Зритель знакомится с Деюнан Норт — бывшим военным, и Бриареосом — киборгом с уникальными зрачками-камерами, ещё до их вступления в элитную организацию Олимп. Два вынужденных наёмника выполняют рискованные задания для местного криминального синдиката, мечтая накопить...
В городе, известном своим искусством создания големов, кипят интриги. Два алчных правителя ведут скрытую войну за единоличную власть, и для достижения цели каждый решает привлечь на свою сторону легендарного мастера, давно оставившего ремесло. Один из них действует напрямую, другой вынужден искать равного по силе конкурента, причём оба скрывают от мастеров свои истинные амбиции.