После глобальной катастрофы, уничтожившей жизнь на Земле, остатки человечества заперты в орбитальных станциях и космических кораблях. Десятилетия спустя, на обезлюдевшей Луне, которую теперь называют мёртвой, разведчики находят нечто невообразимое — гигантское внутреннее море, состоящее из густой, тёмной жидкости, по составу близкой к крови.
Будущее Земли висит на волоске после масштабного конфликта с доктором Эггманом, в результате которого пространство-время раскололось на бесчисленные фрагменты — Глазные реальности. Соник, оказавшись в эпицентре этой катастрофы, теряет связь с товарищами и оказывается вынужденным мчаться сквозь порталы в эти странные, искажённые миры.