Фильм рассказывает историю Ханны, молодой женщины, и её необычных детей — Амэ и Юки, которые с рождения обладают двойственной природой: они могут превращаться в волчат. После трагической гибели их отца, последнего представителя древнего рода оборотней, мама решает уехать из мегаполиса в заброшенный дом в сельской местности, чтобы защитить малышей от посторонних глаз.
В мире магии и драконов, где расположена Деревня Огня в горах Фиоре, существует древняя реликвия — Камень Феникса. Согласно легендам, он обладает силой, способной как возродить, так и уничтожить всё вокруг. После многих лет забвения камень неожиданно попадает в руки загадочной женщины по имени Эклер, которая, лишённая памяти, бродит по земле, не понимая своей роли.
К 2029 году технология кибернетики стала обыденностью, позволив людям усиливать свои тела механическими компонентами. В этом мире, где информация — главная валюта, а ghosts (призраки) в сетях могут управлять людьми, майор Мотоко Кусанаги, глава отдела 9, специализирующегося на киберпреступлениях, берётся за дело таинственного хакера, действующего под псевдонимом Кукловод.