После событий сериала «Звёздные врата: SG-1» команда опытных исследователей сталкивается с новой глобальной угрозой. Раса Орайев, мастерски манипулирующая человечеством через древние технологии, планирует использовать таинственный артефакт — Ковчег Истины — для тотального порабощения Земли. SG-1 узнаёт о существовании «суперворот», через которые враг перебросит свою армаду прямо в сердце...
После ухода из ФБР Фокс Малдер и Дана Скалли пытаются жить спокойной жизнью, но исчезновение молодой агентки заставляет их вновь столкнуться с прошлым. Расследование, которое ведут их бывшие коллеги, заходит в тупик, и единственным человеком, способным дать ключ к разгадке, оказывается Джозеф Криссман — отставной священник с тёмным прошлым, отбывавший срок за совращение детей.