Действие разворачивается в 1970-х годах в небольшом прибрежном городке Кунчхон. Местные ныряльщицы, промышлявшие подъёмом нелегальных грузов с морского дна, становятся жертвами жестокой облавы, устроенной начальником таможни. В ходе операции происходит несчастный случай, участницы команды получают тюремные сроки, а единственной, кому удаётся скрыться, оказывается их подруга Чо Чхун-джа.
В мире, охваченном пандемией мутировавшего вируса, превращающего людей в агрессивных мутантов за считанные минуты, главный герой приходит в себя в отеле с полной амнезией. Не зная даже своего имени, он получает звонок от таинственного голоса, который называет его Картером и сообщает, что в его зубе установлено взрывное устройство.
Через пятнадцать лет после серии жестоких убийств, которые потрясли южнокорейское общество и остались нераскрытыми, их предполагаемый автор, Ли Ду-сок, внезапно объявляет о себе. Освобождённый от юридических последствий, он издаёт книгу мемуаров, где с поразительной детализацией описывает свои преступления.
Фильм «Сильмидо» воссоздаёт одну из самых тёмных и засекреченных страниц в истории Южной Кореи — операцию по подготовке диверсионной группы на острове того же названия. В 1968 году, в разгар холодной войны и напряжённости на Корейском полуострове, по прямому указанию президента Пак Чон-хи на удалённый остров доставляют тридцать отборных бойцов.