Действие аниме-сериала разворачивается в стенах престижной католической школы для девочек святой Лилианы, основанной в начале XX века. Здесь существует уникальная и строгая «система сестёр», где каждую старшекурсницу-«розу» (Роза Хиненсис, Роза Фетида, Роза Гигантея) опекают младшие ученицы — её «бутоны».
В основе сюжета лежит удивительное путешествие обычной Tokyo-школьницы Кагомэ Хигураси, живущей в старинном храме, в далёкое прошлое — эпоху Сэнгоку. Спасаясь от демона-сороконожки, вырвавшегося из древнего колодца, она обнаруживает себя в мире, полном воюющих кланов, мистических существ и забытых легенд.