Фильм «Красная фракция: Происхождение» разворачивается в вселенной культовой игровой серии, на планете Марс, где человеческие колонии ведут изнурительную борьбу за ресурсы и свободу. Действие начинается спустя четверть века после восстания, возглавлянного Алеком Мэйсоном, и двенадцать лет после трагедии, когда его семья была разрушена: жена погибла, а дочь Лира была похищена.
После решения уйти с оперативной работы ради семьи, бывший агент Малкольм Тёрнер сталкивается с необходимостью завершить расследование гибели своего коллеги. Подозрения падают на влиятельного бизнесмена Тома Фуллера, которого ФБР подозревает в разработке вируса для террористических целей. Чтобы приблизиться к цели, Малкольм снова использует свой самый успешный маскировочный артефакт — образ...