Итан Хант, один из самых искусных агентов ЦРУ, наконец-то решает оставить рискованную оперативную работу. Он надеется построить обычную жизнь, жениться на Джулии, которая ничего не знает о его прошлом, и посвятить себя подготовке новых курсантов. Однако планы рушатся в одно мгновение, когда руководство agency обращается к нему с личной просьбой: его бывшая ученица, талантливая агент Линдси...
Действие разворачивается в конце XXI века, где человечество разделено на обычных людей и «заражённых» — жертв вируса, наделившего их сверхспособностями, но обрекающего на быструю смерть. Правительство систематически уничтожает «заражённых», объявив их угрозой, однако среди них есть и те, кто продолжает бороться за право на жизнь.
США на краю пропасти: группа высокопоставленных заговорщиков внутри самого Белого дома инициирует дерзкий переворот, стерев с лица земли Агентство Национальной Безопасности. Официальные структуры парализованы, а власть стремительно переходит в руки мятежников. В этой пучине хаоса единственным, кто ещё может противостоять бунту, оказывается человек, долгое время считавшийся мёртвым или...
Действие разворачивается через десять лет после событий «Терминатора 2». Джон Коннор, теперь уже взрослый, ведёт жизнь подпольного бродяги, сознательно стерев свои цифровые следы, чтобы избежать внимания Skynet. Но система, готовящаяся к войне, отправляет в 2003 год новое оружие — T-X, киборга-убийцу с человеческой внешностью и полной иммунитетом к прошлым моделям.