Действие разворачивается в недалеком будущем, где Нью-Тек-Сити — высокотехнологичный мегаполис, в котором сосуществуют люди и множество инопланетных рас. Этому гармоничному сосуществованию угрожает возродившаяся империя Тробиан, чьи корабли вновь появляются в солнечной системе с явной целью поработить или уничтожить Землю.
Третья и заключительная часть легендарной трилогии «Матрица» от братьев Вачовски ставит финальную точку в масштабной саге о борьбе за свободу. После событий «Матрицы: Перезагрузки» война между людьми и машинами входит в решающую фазу. Армия машин, возглавляемая Сати, приближается к Зиону, готовясь к тотальному уничтожению последнего оплота человечества.