Действие разворачивается в постапокалиптической Великобритании, где почти три десятилетия назад вирус, превращающий людей в диких, плотоядных существ, стёр с лица земли цивилизацию. Остатки человечества живут в изолированных поселениях, постоянно подвергаясь угрозе нападения заражённых и конфликтам между выжившими.
Паддингтон, уже давно ставший полноправным членом семьи Браунов и гордым гражданином Великобритании, получает тревожные вести из далёкой Перу. Его любимая тётушка Люси, которая когда-то привезла его в Англию, нуждается в помощи. Не раздумывая, вежливый медведь в синем пальто и красной шляпе отправляется в своё самое дальнее и экзотическое путешествие.