Фильм «Завещание Анны Ли» обращается к малоизвестной, но фундаментальной странице американской истории — основанию Объединённого сообщества верующих (шкеров) в колониальной Америке. Сюжет следует за судьбой Анной Ли, харизматичной лидерой, которая, подвергаясь жестоким гонениям в Англии за свои радикальные религиозные убеждения, ведёт свою небольшую общину через океан в поисках свободы совести.
В викторианском Лондоне сумасшедший учёный-хирург Годвин, вылавливая из Темзы тело молодой беременной самоубийцы, совершает немыслимое: он пересаживает ей мозг её собственного нерождённого младенца и возвращает её к жизни. Результат — Белла, существо, сочетающее физическую зрелость женщины с абсолютно чистым, инфантильным сознанием.
Действие разворачивается в недалеком будущем, 2036 году, где США ведут миротворческую операцию на территории Украины, затянувшуюся в многолетнюю гражданскую войну. Лейтенант Харп, оператор беспилотников, совершает поступок, нарушающий прямой приказ, и вместо трибунала получает задание в составе специальной группы.