Продолжение истории элитного подразделения G.I. Joe, где героям предстоит столкнуться с предательством изнутри. Злодей Зартан, захвативший власть в США под прикрытием президента, организовал жестокую засаду: после миссии в Пакистане отряд подвергся массированному авиаудару, а выживших обвинили в государственной измене и краже ядерного заряда.
