Действие разворачивается в Нью-Йорке середины 1930-х годов, в эпоху Сухого закона и жестоких криминальных разборок. Обычный уличный мальчишка Билли Батгейт, мечтающий о большом будущем, случайно оказывается в поле зрения одной из самых влиятельных фигур подпольного мира — босса мафии Дюка (Голландца) Шульца.
В мрачных канализационных тоннелях Нью-Йорка обитает необычная семья: четыре разумные черепашки человеческого роста — Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло — и их наставник, крыса Сплинтер. Их необычная судьба началась с радиационных отходов и японского искусства ниндзя, которые превратили обычных рептилий в героев.