Знаменитый водопроводчик Марио возвращается в полнометражном анимационном фильме, который переносит любимых персонажей в масштабное космическое приключение. Действие разворачивается после событий, где Марио одержал победу над тираном Боузером и спас Бруклин. Однако покой оказывается кратковременным — на арене появляется новая, ещё более опасная угроза.
После успешного перевоспитания и публичного признания, бывшая банда «Плохих парней» — мистер Волк, mr. Питон, Шарканада и прочие — пытается адаптироваться к мирной жизни. Они устроились на работу в благотворительный центр, стараются забыть своё криминальное прошлое и даже завели питомца. Но их спокойствие длится недолго.