Молодая девушка Лили, сбежавшая от проблем дома, в отчаянии обращается за помощью к первому попавшемуся мужчине. Но вместо помощи её ждёт кошмар: незнакомец, травмированный потерей дочери, уверен, что перед ним — его родная child. Он запирает Лили в своём доме, создавая для неё искусственную реальность, где она должна играть роль пропавшей девочки.
Германия, 1968 год. Страна охвачена духом перемен: студенческие волнения, протесты против войны, сексуальная революция. Но для четырнадцатилетнего Вольфганга этот период свободы оборачивается кошмаром. По наущению ревнивого отчима его отправляют в католическое исправительное учреждение для трудных подростков «Фрайштатт» (Umschulungslager Freistatt), расположенное в глухой деревне.
Действие разворачивается в мрачном антиутопическом будущем, где Великобритания превращена в полицейское государство. После страшной эпидемии, опустошившей страну, к власти пришёл жестокий тоталитарный режим, устанавливающий комендантский час, тотальный контроль и культивирующий страх. Против этой системы встаёт загадочный и харизматичный борец за свободу, известный под псевдонимом V.
Фильм «Эон Флакс» переносит зрителя в мрачное будущее, где вирус почти уничтожил человечество. Выжившие обитают в едином городе-государстве Брегна, отгороженном от внешнего мира прозрачным куполом. В этом строго контролируемом обществе, где правят с помощью генной инженерии и тотальной слежки, действует подпольная группа «Монахи». Её лучший агент — Эон Флакс, мастерски владеющая собой и оружием.