Аниме «Скарлет» переносит зрителя в эпическое фэнтези-приключение, где личная месть переплетается с потусторонними силами. После роковой неудачи в попытке убить своего дядю Клавдия, ответственного за гибель отца, юная принцесса и мастер меча Скарлет погибает от отравленного клинка. Её душа оказывается в загадочной Стране мёртвых — космическом пространстве, куда стекаются ушедшие из разных эпох...
Шесть прогуливающих школу подростков и один отличник обнаруживают, что в их комнатах начали странным светом сиять зеркала. Прикоснувшись к стеклу, каждый из них переносится в невероятный, фантастический замок, существующий где-то между реальностью и иным миром. Их неожиданной хозяйкой оказывается элегантная и мудрая Королева-волчица, которая предлагает им убежище от тягот школьной жизни.
В мире, где с морских глубин восстали колоссальные инопланетные существа кайдзю, человечество ответствовало созданием не менее гигантских боевых роботов — егерей. Управление каждым таким аппаратом требовало нейронной связи двух пилотов, чьи сознания сливались в единое целое. Однако даже эта технология оказывается на грани бесполезности перед натиском новых, более мощных монстров.