Действие разворачивается в 1994 году, когда стажёрка музея Елена Уоллес и бывший военный специалист по электронике Ной Диас, спасаясь от преследования, случайно находят древний артефакт, способный изменить ход истории. Их приключение превращается в эпическое противостояние, уходящее корнями в глубины времени.
Продолжение успешной мультипликационной франшизы переносит quartet из зоопарка — льва Алекса, зебру Марти, жирафа Мелмана и бегемотиху Глорию — с Мадагаскара в сердце Африки. Выживание на диком континенте оказывается куда сложнее, чем жизнь в клетке. Алекс, выросший в неволе, неожиданно находит своих родственников-львов, но понимает, что его цивилизованные манеры и любовь к танцам вызывают у...