В продолжении истории о четырёх мутировавших черепахах-воинах Нью-Йорку снова угрожает опасность. После провала операции по захвату Шреддера тот, воспользовавшись научными разработками профессора Стокмана, совершает побег через interdimensional portal. Теперь злодей, усиленный новыми технологиями и поддержкой Клана Фут, замышляет масштабный план, способный перевернуть город.
