Фильм «Выпускник» разворачивается на фоне сложных межгосударственных отношений Корейского полуострова. Главный герой, школьник Мён-хун из Северной Кореи, соглашается на рискованную миссию шпиона в Южную Корею, чтобы получить лекарство для больной младшей сестры. Под прикрытием обычного ученика он проникает в чужой мир, где каждая деталь может выдать его.
В мире, разделённом идеологией, бывшие коллеги по разведке оказываются по разные стороны баррикад. Агент Национальной службы разведки Южной Кореи Ли Хан-гю, действуя на свой страх и риск, преследует загадочного северокорейского киллера по прозвищу Тень. Их контактное лицо, Сон Джи-вон, сопровождает убийцу в миссии, которая должна была стать ключом к разоблачению сети шпионов.