Фильм «Doom: Аннигиляция» — это напряжённая смесь боевика, научной фантастики и хоррора, действие которой разворачивается в замкнутой космической локации. История начинается с высадки элитного отряда морской пехоты на Фобос, спутник Марса, где находится высокосекретная лаборатория, занимающаяся исследованиями в области телепортации.
В современном мире высоких технологий ВМС США запускают секретный проект по созданию абсолютно автономного истребителя нового поколения. Этот летательный аппарат, оснащённый передней искусственной интеллектуальной системой, должен учиться у лучших пилотов, впитывая их навыки и реакцию. За задачу берётся элитный лётчик-испытатель, который вместе с напарником должен «воспитать» машину.