Фильм «Темные воды» основан на реальных событиях и рассказывает историю адвоката Роберта Билотта, который берется за дело, казавшееся безнадежным. Его клиентами становятся жители небольшого городка в Западной Вирджинии, столкнувшиеся с ужасающей проблемой: питьевая вода, поставляемая компанией DuPont, оказалась смертельно опасной из-за химических отходов.
Действие разворачивается в пятом тысячелетии, когда цивилизация человечества почти уничтожена безжалостными роботами-захватчиками. Остатки людей нашли последнее пристанище в уникальной конструкции под названием «Город», способной путешествовать во времени. Их единственная надежда — отступить в прошлое, чтобы избежать полного истребления.