Действие разворачивается в 1905 году. Томас Ричардсон, долгое время считавшийся погибшим, узнаёт, что его сестра Дженнифер похищена. Похитители — обитатели сектантской общины, заселившей заброшенный остров у побережья Уэльса. Их лидер, пророк Малкольм, требует выкуп у богатого отца девушки, а её саму держит в качестве заложницы и потенциальной невесты.
Фильм «Сага о викингах: Тёмные времена» переносит зрителя в суровую эпоху раннего Средневековья, где границы между миром и хаосом стёрты. Сюжет вращается вокруг Хереварда, начинающего монаха, которому поручено спасение бесценной реликвии — Евангелия Линдисфарнского, известного своей необычной красотой и, как верили, силой.