Действие разворачивается в закрытом учреждении на заброшенном острове Святого Леонарда, где под видом лечения проводятся безжалостные опыты над заключёнными. Один из проектов выходит из-под контроля, порождая быстро распространяющуюся инфекцию, которая мутирует тела и сознание, превращая людей в агрессивных, искажённых существ.
В двадцать втором веке, влекомые жаждой ответов на фундаментальные вопросы о своём происхождении, исследователи отправляются на корабле «Прометей» в опасное путешествие к отдалённой звезде. Их цель — найти так называемых «Инженеров», предположительных создателей человеческой цивилизации, и получить от них знания, которые могут изменить ход истории.