Пятая часть культового боевика переносит зрителей в мир, где границы между врагом и союзником стерты. После событий предыдущих фильмов Международный валютный фонд распущен, а Итан Хант оказался в изоляции, лишившись поддержки государства. Его новая угроза — Синдикат, высокотехнологичная организация бывших спецагентов из разных стран, действующих как «племя изгоев».
Том Келлер, один из немногих уцелевших после внезапной вирусной эпидемии, нашёл прибежище на заброшенной военной базе. Изолированный от мира, он безуспешно пытается установить радиосвязь, надеясь на спасение. Ситуация меняется, когда в ходе рискованной вылазки в опустевший город он встречает небольшую группу других выживших.