Фильм продолжает мрачную историю вторжения, начатую в первой части. Несколько лет назад учёный Зэйн Земински нашел неопровержимые доказательства того, что Земля тихо оккупирована инопланетной расой, манипулирующей климатом для уничтожения человечества. Его внезапная и таинственная гибель не осталась без внимания.
В третьей части саги бессмертный воин Коннор Маклауд вынужден столкнуться с древним и невероятно могущественным врагом — Колдуном Кейном, заточенным под горой в Японии на протяжении трёх столетий. Когда невежественные археologists случайно освобождают его, Кейн, жаждущий абсолютной власти, нацеливается на энергию Горца, чтобы достичь своих целей.