Мультфильм «Супермен/Бэтмен: Апокалипсис» является прямым продолжением истории, начатой в «Супермен/Бэтмен: Враги общества». Хотя криптонитовый астероид, послуживший катализатором предыдущего кризиса, уничтожен, один из его осколков достигает Земли, опускаясь в воды Готэм-Сити. Это событие становится отправной точкой для новой, неожиданной угрозы.
На затерянном острове амазонок, скрытом от внешнего мира, томится в заточении бог войны Арес. Его тюрьма рушится, когда в районе острова терпит крушение военный истребитель. Единственный выживший пилот попадает в плен к амазонкам, и здесь разворачивается ключевой конфликт: рассудительная королева Гипполита, стремясь сохранить мир, решает отправить мужчину обратно в цивилизованный мир, но её...