Глубоко под поверхностью планеты, в лабиринте тёмных тоннелей и шахт, существует общество, лишённое памяти о внешнем мире. Его обитатели — потомки заключённых — с рождения трудятся под железной дисциплиной роботов-надсмотрщиков, добывая для бессмертного правителя Зайгона ценные рубидимитовые кристаллы.
После триумфального, но тяжёлого поражения Хана капитану Джеймсу Керку не о чем радоваться. Его лучший друг, командующий Спок, погиб, жертвуя собой ради спасения «Энтерпрайза». Потеря кажется невосполнимой, а ситуация усугубляется, когда лучший друг Керка, доктор Мак-Кой, под воздействием странной энергии начинает терять рассудок.