Вселенная LEGO Ниндзяго переживает масштабную трансформацию: столкновение шестнадцати миров привело к хаосу, где старые границы стерлись, а опасности стали неизвестными. В этом новом, непредсказуемом пространстве появляются два подростка — они случайно обнаруживают в себе древние силы ниндзя, о которых раньше не подозревали.
Две сестры-близнеца, Эмили и Кэти, живут абсолютно разной жизнью. Эмили — уверенная в себе, популярная и прекрасно приспособленная к миру магии и сверхъестественного, где она выросла. Кэти же — тихая аутсайдерка, ничего не подозревающая о своём истинном происхождении и живущая в обычном человеческом мире.
Проснувшись в незнакомом бункере, подростки Адам, Кай и Мира с ужасом понимают, что они не в своем мире. Их окружение — лабиринт пустых коридоров, а за дверьми ждут совершенно иные реальности. Они сталкиваются с заброшенными городами, застывшими во времени, с порталами, переносящими в эпохи, и существами, чьи намерения непонятны.