С детства Кейт была воспитана в строгой дисциплине Ви, который одновременно играл роль отца, наставника и босса в мире наёмных убийц. Девушка безупречно выполняла заказы, пока в одной из операций в Осаке не столкнулась с моральной дилеммой — цель оказалась рядом с ребёнком. Этот случай заставил её усомниться в выбранном пути, и она задумалась о Retirement, о нормальной жизни вне крови и насилия.
Действие разворачивается в Японии 1870-х годов, в период стремительных преобразований эпохи Мэйдзи, когда страна, открывшись миру, пытается отказаться от вековых традиций. Американский капитан Нейтан Олгрен, опытный офицер, нанят императором для обучения новой армии современным методам ведения войны, чтобы подавить восстание самураев, верных старому укладу.