Фильм переносит нас в строгое, закрытое сообщество, где жизнь подчинена жёстким правилам и незыблемой иерархии. Верховный гуру, чей авторитет не подлежит сомнению, обращает своё внимание на молодую женщину, предлагая ей уникальный путь к духовному возвышению — привилегию, о которой другие могут только мечтать.
Действие разворачивается в мрачной Германии времён Тридцатилетней войны, где смерть и голод стали обыденностью. Для осиротевшего Крабата мельница, предложившая приют и обучение, кажется единственным спасением. Однако вскоре он понимает, что попал в ловушку: под руководством загадочного Мастера юноша осваивает магические искусство, цена которого — полное подчинение воли и тяжёлый моральный выбор.