Фильм «Выпускник» разворачивается на фоне сложных межгосударственных отношений Корейского полуострова. Главный герой, школьник Мён-хун из Северной Кореи, соглашается на рискованную миссию шпиона в Южную Корею, чтобы получить лекарство для больной младшей сестры. Под прикрытием обычного ученика он проникает в чужой мир, где каждая деталь может выдать его.
Южнокорейский агент Ким Хён-джун, только что принятый в элитное подразделение, получает первую и крайне важную миссию — устранить северокорейского политического деятеля, чьи действия, как считается, блокируют процесс объединения Корейского полуострова. Операция проходит безупречно, но сразу после неё жизнь Хён-джуна превращается в кошмар.