Когда Губка Боб внезапно остаётся без своих знаменитых квадратных штанов, он понимает, что это дело рук таинственного призрака Летучего Голландца. Не раздумывая, он вместе с лучшим другом Патриком Старом погружается в самые тёмные и неизведанные глубины Бикини Боттом, чтобы вернуть своё имущество. Их путь лежит через затонувшие корабли, мерцающие рифы и области, куда не решаются заглядывать...
Фильм «Смерч 2» продолжает историю метеоролога Кейт, пережившей трагический инцидент во время исследования торнадо, в результате которого погибли её бойфренд и двое товарищей. Единственным выжившим из их группы стал Хави. Пять лет спустя он находит Кейт, оставившую fieldwork и работающую в нью-йоркском офисе, и убеждает её на короткое время вернуться в поле.