Нью-Йорк погружается в хаос, когда могущественный злодей Шреддер и его Клан Фут устанавливают тотальный контроль над городом, подчинив себе полицию и политиков. В самый тёмный час из подземных тоннелей на поверхность выходят четыре необычных героя — братья-черепахи Леонардо, Донателло, Рафаэль и Микеланджело, выросшие в изоляции и обученные искусству ниндзюцу крысой-сэнсэем Сеплашером.
