Галактика охвачена пожаром Войн клонов — масштабного конфликта, который разрывает Республику изнутри. На фоне сражений между клонами и дроидами разворачивается личная драма Энакина Скайуокера. Рыцарь-джедай, герой сражений, таит в себе страх и уязвимость, разрываясь между верностью кодексу джедаев и глубокой привязанностью к жене Падме.
Действие фильма разворачивается спустя decade после «Эпизода I: Скрытая угроза». К спокойному периоду, кажется, вернулась стабильность, но под поверхностью галактического мира зреет глубокий кризис. Движение сепаратистов, объединяющее сотни планет и мощные корпоративные альянсы, открыто бросает вызов Республике.