Продолжение культового фильма 1987 года переносит зрителя в мрачный мир, где инопланетная угроза обрела новую, еще более изощренную форму. Гадкий, отвратительный монстр, прибывший из глубин космоса, продолжает свой чудовищный замысел по порабощению планеты. Его метод — холодный, технологичный и эффективен: он не убивает, а вселяется в людей, используя их тела как временные оболочки, чтобы тихо...
После триумфального, но тяжёлого поражения Хана капитану Джеймсу Керку не о чем радоваться. Его лучший друг, командующий Спок, погиб, жертвуя собой ради спасения «Энтерпрайза». Потеря кажется невосполнимой, а ситуация усугубляется, когда лучший друг Керка, доктор Мак-Кой, под воздействием странной энергии начинает терять рассудок.