В этом весёлом и экшн-насыщенном продолжении знаменитой франшизы четыре брата-черепахи сталкиваются с новой, ещё более опасной угрозой. Злодей Шредер и его клан Футов вновь устраивают хаос в городе, но их оружием становится таинственное вещество — мутаген. Под его воздействием обычные люди превращаются в ужасающих монстров, угрожая всему Нью-Йорку.
Дэйв, лишившийся слуха, становится единственным зрителем жестокого преступления, произошедшего прямо на его глазах. Его друг Уолли, потерявший зрение, всё слышит, но не может увидеть происходящее. Эта необычная пара, объединённая обстоятельствами, мгновенно оказывается в эпицентре криминальной бури.