Фильм «Эон Флакс» переносит зрителя в мрачное будущее, где вирус почти уничтожил человечество. Выжившие обитают в едином городе-государстве Брегна, отгороженном от внешнего мира прозрачным куполом. В этом строго контролируемом обществе, где правят с помощью генной инженерии и тотальной слежки, действует подпольная группа «Монахи». Её лучший агент — Эон Флакс, мастерски владеющая собой и оружием.
